Исидор происходил из христианской семьи, в юности удалился на Пелусиотскую гору, где вел подвижнический образ жизни. Во время путешествия в Константинополь познакомился со святителем Иоанном Златоустом и стал его учеником, посвятив себя христианской проповеди.
Исидор — автор более 2000 писем, в которых он обращается с наставлениями к воинам, монахам, епископам и знатным людям.
Преподобный выступал в защиту Иоанна Златоуста во время гонения на него императрицы Евдокии. После смерти Иоанна Исидор убедил Феофила, архиепископа Александрийского, включить имя Иоанна в диптихи (списки имен для поминания на литургии) как исповедника христианской веры. Исидор во время обострения споров с еретиками несторианами писал убедил византийского императора Феодосию II Третий Вселенский Собор для искоренения ереси Нестория.
Исидором были перенесены из Египта в Писидию (Малая Азия) мощи преподобных Паисия Великого и Павла Фивейского.