Зилантов монастырь расположен на Зилантовой горе недалеко от Казанского кремля. Монастырь был основан Иваном Грозным после взятия Казани на месте захоронения русских воинов, погибших под стенами города. Однако в 1559 году разливом Волги были разорены монастырские стены, после чего обитель перенесли на вершину горы.
В народе монастырь называют «Зилантовым» от названия горы, на которой, согласно преданию, обитало мифическое существо — крылатый змей Зилант.
Основание монастыря связывается также с захоронением на этом месте «первого святого мученика Христова в земле Казанской просиявшего» — Иоанна Казанского.
Основной ансамбль монастыря сложился в XVII веке. были построены Успенский собор, храм во имя Алексия Митрополита Московского, жилые постройки. В 1732-1740 годы в монастыре находилась Казанская духовная семинария, а с 1740 года - Новокрещенская школа.
Монастырь был закрыт советской властью в 1918 году. Некоторое время монастырь был бездействующим, но вскоре был заселен монахинями. Женская монашеская община просуществовала в монастыре до начала 1920-х годов, а затем была ликвидирована.
Монастырь был возвращен Церкви в 1998 году и преобразован в женский.