Дата основания монастыря неизвестна, впервые он упоминается в 1482 году. По одной из версий он был основан угличским князем Романом Святым (1261-1285). Первые храмы монастыря находились на берегу Волги около устья Троицкого ручья. Они были разрушены поляками в период Смутного времени.
Сохранившиеся здания монастыря построены в 1674-1677 годах Алексеем Устиновым по указанию ростовского митрополита Ионы III Сысоевича, который принимал постриг в этом монастыре. Иона III, сподвижник патриарха Никона, иницировал строительство множества храмов и монастырей, создав свой легко узнаваемый архитектурный стиль. Тогда же монастырь был перенесен на новое, современное место. Новые храмы были белокаменными: Воскресенский собор, Смоленская церковь с трапезной и надвратная церковь Марии Египетской с шатровой колокольней. Воскресенский монастырь является одним из выдающихся творений русского ансамблевого зодчества XVII века.
В 1764 монастырь упразднен и преобразован в приходскую церковь. К началу XIX века на территории монастыря были ликвидированы все бытовые постройки, действовали только храмы.
Советская власть закрыла их в 1923-1924 годах, однако с 1960-х годов церкви начали постепенно восстанавливать, работа велась под руководством архитектора Симеона Новикова.
Монастырь был возвращен Церкви в 1999 году и возрожден.
Храмы монастыря:
Церковь Иконы Божией Матери Смоленская
Церковь Марии Египетской