Алексеевский монастырь был первым женским монастырем в Москве. Его основал митрополит Алексий в 1360-х годах, построив в Хамовниках, в районе современной улицы Остоженки храм во имя Алексия человека Божия. Затем был построен собор Зачатия святой Анны, поэтому монастырь назывался одновременно и Алексеевским, и Зачатьевским. Также его было принято называть стародевичьим. Первыми монахинями обители были родные сестры митрополита — Иулиания и Евпраксия.
Монастырь сильно пострадал от набега татар в 1451 году, а после большого пожара 1547 года его перенесли на новое место — в Чертолье, туда, где сейчас стоит храм Христа Спасителя. На старом месте в 1584 году был устроен отдельный Зачатьевский монастырь.
В конце 1830-х годов в связи со строительством храма Христа Спасителя Алексеевский монастырь снова переехал, теперь — в Красное Село. Помимо храмов и келий в Ново-Алексеевской обители были иконописная, рукодельная, золотошвейная мастерские, училище-приют для сирот и первое в России женское училище для выходцев из южнославянских стран.
В 1924 году монастырь закрыли, многие здания были разрушены, Крестовоздвиженский храм перестроили под Институт рыбного хозяйства. В 1991 году был заново освящен один из храмов монастыря — церковь Всех святых.
В 2013 году Ново-Алексеевский женский монастырь начал возрождаться.