Монастырь был основан в конце XIV века женой Дмитрия Донского княгиней Евдокией. Первоначально храмы монастыря располагались на территории Угличского кремля.
Начало истории обители тесно переплетается с историей российских правителей. Так, в 1591 году в Богоявленском монастыре была пострижена в инокини царица Мария Федоровна Нагая, мать царевича Дмитрия Угличского, младшего сына Ивана Грозного. В период Смутного времени храмы монастыря были сожжены поляками. Новые храмы отстраивались в 1629 году при участии инокини Марфы, матери первого царя династии Романовых, Михаила Федоровича.
В 1661 году монастырь был переведен на современное место, ближе к Ростовской дороге. Первая каменная Богоявленская (позднее Смоленская) церковь была построена в конце XVII — начале XVIII веков.
Активное строительство велось с начала XIX века. Тогда были построены величественный Богоявленский собор по проекту Константина Тона и Феодоровская церковь - в память Феодоровской иконы Божией Матери, подаренной монастырю матерью царя Михаила Феодоровича Романова инокиней Марфой.
Монастырь был закрыт советской властью в 30-е годы XX века, однако с 1970-х годов церкви начали постепенно восстанавливать, работа велась под руководством архитектора Симеона Новикова.
В 2003 году Федоровская и Смоленская церкви были возвращены РПЦ. Монастырь открылся в 2010 году.
Чудотворные иконы монастыря:
Феодоровская икона Божьей Матери
Святой благоверный князь Роман Угличский
Иоанн-младенец Ванечка ЧеполосовХрамы монастыря:
Собор Богоявления Господня
Церковь Иконы Божией Матери Достойно есть - не действующая
Церковь Иконы Божией Матери Смоленская
Церковь Иконы Божией Матери Феодоровская