Богоявленский Авраамиев монастырь считается одним из древнейших в Северо-Восточной Руси и самым древним в Ростове Великом, по одной из версий заложен в 990 году, однако точных исторических сведений о дате оснований обители нет. Впервые упоминается в Лаврентьевской летописи в записи от 1261 года.
По преданию, описанному в Житии Авраамия Ростовского, на месте монастыря стояло капище языческого бога Велеса. Сокрушить Велеса отшельнику помог посох, данный Авраамию после молитвы Иоанном Богословом. Одолев идола, святой построил здесь деревянный храм во имя Святого Богоявления Господня, а затем и мужской монастырь.
Изначально монастырь был окружен крепостными стенами, на настоящий момент не сохранившимися.
В 1210 году в монастыре были обретены мощи Авраама Ростовского.
Также в монастыре в разное время жили епископ Игнатий, Ростовский чудотворец, преподобные Иринарх Ростовский и Пимен Затворник.
В 1555 году по повелению Ивана Грозного на месте старого Богоявленского храма построен новый, каменный.
Обитель пострадала от нашествия польских войск в Смутное время, но был восстановлена.
В 1915 году на территорию монастыря был временно переведен Евфросиниев Полоцкий женский монастырь с мощами основательницы этой обители, преподобной Евфросинии, и Витебское епархиальное училище, а монахи Авраамиева монастыря переселились в ростовский Спасо-Яковлевский Димитриев монастырь.
Согласно историческим источникам обитель посещали Великий князь Сергей Александрович и Великая княгиня Елизавета Федоровна, святой праведный Иоанн Кронштадтский и святитель Тихон, будущий Патриарх Всероссийский.
26 апреля 1920 года мощи преподобного Авраамия Ростовского были осквернены и переданы в музей.
В 1922 году были изъяты ценности, хранившиеся в обители, также разграблены храмы и монастырские могилы.
В 1926 году здания монастыря передали музею древностей, обитель была закрыта. Окончательно богослужения в храмах монастыря (продолжавшего существовать как «Авраамиево-Богоявленское религиозное общество») прекратились в 1929 году. Часть монахинь подверглась репрессиям.
Восстановление монастыря началось в 1990 годы. В 1993 году в монастыре было учреждено подворье храма Нерукотворного образа Спасителя московского Андроникова монастыря, позже - Патриаршее подворье.
В 2004 году Патриаршее подворье было преобразовано в Богоявленский Авраамиев женский монастырь Ярославской епархии.
В настоящий момент на территории три храма - Богоявленский, в честь Введения во храм Божией матери и надвратный храм в честь святителя Николая Чудотворца. В двух последних проводятся богослужения.