История храма была начата 5 августа 1992 года с образованием прихода. До постройки церкви службы и требы совершались в здании бывшего райкома КПСС священниками, приезжавшими из Магадана.
В 1994 года приход получил здание бывшего краеведческого музея города. Помещение было переоборудовано под храм, богослужения совершались мирским чином (богослужение, совершаемое в отсутствии священника и без Причастия, представляет собой собрание верующих с вычитыванием обычных молитв, пением христианских гимнов и чтением Священного Писания).
6 декабря 1999 года настоятелем прихода был назначен священник Евгений Пилипёнок.
В 2000 году приход был включен в состав новообразованной Анадырской и Чукотской епархии.
Из-за ветхого состояния и малых размеров здания храма, было принято решение о поиске нового помещения для совершения богослужений. В марте 2004 года были завершены основные работы по переоборудованию одного из бывших жилых домов, в котором были начаты молебны.