Церковь расположена в центре города и считается одной из самых интересных храмовых построек Костромы середины XVIII века. Первая церковь Спаса в Рядах упоминается еще деревянной в 1628. Каменный храм возвели в 1766 году на средства купца Стефана Семеновича Белова.
Архитектурный стиль церкви соответствует традиции предыдущей, допетровской эпохи: храм бесстолпный пятиглавый одноапсидный. Колокольня в стиле позднего барокко построена позднее по проекту архитектора Степана Андреевича Воротилова. Спутя 30 лет при постройке Гостиного двора вокруг церкви возвели торговые ряды, а сама она оказалась встроенной внутрь рядов.
Из святынь церкви жители особо почитали икону Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня и местночтимый образ святых мучеников и исповедников Гурия, Самона и Авива.
Церковь была закрыта советской властью в 1929 году, а в здании организовали антирелигиозный музей. С конца 30-х годов и до 1973-го года церковь использовали как складское помещение. В 1974-1976 годах в ходе реставрационных работ была воссоздана разрушенная колокольня храма. С 1986 года в Спасской церкви размещался выставочный зал историко-архитектурного музея-заповедника. Храм был возвращен РПЦ только в середине 2000-х годов. В настоящее время в храме проводятся реставрационные работы.