Церковь была заложена в 1794 году, по инициативе и на деньги владельца имения Шкинь, представителя старого дворянского рода Г. И. Бибикова. Открыта в 1800 году. Авторство проекта храма некоторыми исследователями приписывается Р. Р. Казакову. Строительство велось под наблюдением губернского архитектора И.А. Селехова.
Храм имеет две колокольни и два придела: архистратига Михаила и святых мучеников Флора и Лавра. В приделах расположена трапезная храма. Внутреннее пространство храма представляет в схеме латинский крест.
Рядом с церковью находится могила Д. И. Васильева (скончался в 1884 году) — юродивого Данилушки, местночтимого святого, принимавшего активное участие в деятельности приходской общины. На деньги, собранные юродивым, в период его жизни была осуществлена новая роспись храма.
Церковь была закрыта в 1936 году, в ходе снятия с нее колоколов была повреждена одна из колоколен. В 1960 годы в храме располагался склад химических продуктов, часть дверных проёмов была растёсана для въезда тракторов. Церковь снова открыта в 1992 году, в 1993 году в ней прошли первые богослужения. В настоящий момент ремонтируется.