Ярославский храм Илии Пророка был построен в 1650 году на средства купцов Иоанникия и Вонифатия Скрипиных. Когда строительство подходило к концу, московский патриарх Иосиф в знак особого поощрения наградил Скрипиных частицей Христовой ризы. Тогда в честь этой святыни к храму был пристроен Ризоположенский придел с шатровым куполом.
В 1680 году костромские мастера Гурий Никитин и Сила Савин украсили церковь фресками.
После перепланировки Ярославля в 1778 году связи с городской реформой Екатерины II Ильинский храм оказался в самом центре города. Площадь, которая сейчас называется Советской, раньше носила имя Ильинской.
При советской власти храм закрыли, в 1920 году его передали Ярославскому музею-заповеднику. В послевоенное время храм реставрировали, в 1989 году престол Илии Пророка был заново освящен. Сегодня храм находится во владении музея, но летом в нем проходят церковные службы.