Главный (до постройки Никольского морского собора) храм Кронштадта. Место службы Иоанна Кронштадтского в течение 53 лет.
Заложен 20 июня 1805 года в присутствии императора Александра I по проекту главного архитектора Морского ведомства А. Д. Захарова.
Строительство был окончено в 1817 году. Изначально в соборе был один престол - в честь Андрея Первозванного.
С 1853 по 1855 годы к собору были пристроены приделы во имя апостолов Петра и Павла и во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1876—1877 годах собор был расширен, а сквер вокруг храма = огорожен.
В связи с большим притоком народа, связанным с деятельностью Иоанна Кронштадтского, в 1897 году собор вновь был расширен
В 1899 году слева от входа в храм была поставлена часовня во имя иконы Тихвинской божьей матери.
8 мая 1903 года собор посетил император Николай II с членами императорской фамилии, в чьем присутствии Иоанн Кронштадтский заложил Никольский морской собор на Якорной площади.
После смерти 20 декабря 1908 года Иоанна Кронштадтского его гроб был выставлен для прощания в соборе. Супруга Иоанна Кронштадтского (похороненного в Иоанновском монастыре в Петербурге), скончавшаяся 24 мая 1909 года, была погребена на кладбище Андреевского собора.
В 1913 году были заново обустроены соборный сквер и фонтан.
В 1921 году, во время подавления большевиками Кронштадтского восстания, был поврежден шпиль и утрачен крест храма. В 1922 году из собора были изьяты церковные ценности.
В 1931 году Андреевский собор был закрыт, а в 1932 году разобран. В настоящий момент планируется восстановление храма.