Первая деревянная церковь на Смоленском кладбище Санкт-Петербурга была возведена в 1760 году во имя знаменитой чудотворной иконы Божией Матери Одигитрии Смоленской, а также в память жителей Смоленска, работавших на строительстве Петербурга и похороненных на Смоленском поле. С постройкой церкви было положено начало Смоленскому кладбищу. Затем здесь построили вместо деревянной церкви каменный храм в стиле классицизма.
Храм был освящен в 1790 году.
В 1891 - 1892 годах к церкви были пристроены пределы во имя Василия Исповедника и Иоанна Крестителя. В 1903 году в церкви прошел капитальный ремонт.
В 1940 году храм был закрыт, ценности изъяты. В 1947 году в церкви были возобновлены богослужения.
Среди особо значимых икон храма - образ Спасителя, список Казанской иконы Божией Матери; Толгская икона конца XVII века с клеймами, изображающими события из истории основанного в 1314 году Толгского монастыря; икона святителя Николая Мирликийского; икона святого великомученика и целителя Пантелеимона.