Храм был освящен 14 октября 1829 года во имя святой равноапостольной Марии Магдалины, Постройка церкви велась при содействии Попечительского Совета заведений Общественного призрения под покровительством императрицы Марии Феодоровны для лечебницы, предназначенной для жителей Васильевского острова.
В 1922 году храм был закрыт и оопределен в склад, иконостас вывезен в Музей истории религии Санкт-Петербурга. Сейчас в здании церкви располагается одно из отделений больницы. Возрождение церкви было начато в 2006 году. Под храм было выделено здание бывшей котельной больницы на 2-й линии Васильевского острова
20 апреля 2007 года храм был освящен. При храме работает общество милосердия и паломническая служба.